По статье 123 НК РФ, штрафовать компанию могут в случае если:
бухгалтерия компании не перечислила в бюджет НДФЛ с дохода работника;
не удержала вовремя;
ну или удержала вовремя, да вот перечислили с опозданием.
( из письма от 12.04.2013г. №03-02-07/1/12347 )
Во избежании наложения на вашу компанию штрафных санкций в размере 20 процентов от не уплаченной вовремя суммы НДФЛ, бухгалтерскому отделу не стоит затягивать с перечислением должной суммы НДФЛ.